1981年8月，成立教务处和总务处；同年，成为我国首批博士学位与硕士学位授予单位。
1982年，成立首届中国农业科学院学位评定委员会；同年8月，研究生院遵照学位条例的规定，制订了《中国农业科学院研究生院攻读硕士学位研究生培养管理暂行规定（草案）》；同年，首批研究生顺利毕业，当年毕业生共43人。
1983年，研究生院临时团委成立。
1984年12月，召开研究生院第一届团代会及第一届研究生学代会。同年5月，《耘——研究生生活》创刊。
1985年增设办公室；同年，开始招收博士研究生；1985年，招收首批博士研究生，当年招收2人。
1986年，启动在职硕士培养
1987年2月，中国农业科学院学位评定委员会向院属各研究所（中心、室）下发《关于做好硕士研究生导师条件审查的通知》
1988年，试行“双向选择”的毕业生分配办法。
1989年，印发《中国农业科学院学位评定委员会关于硕士研究生指导教师试行办法》
1990年，创办《研究生通讯》。
1991年12月，成立党办人事处
1993年4月，党办人事处与办公室，对外统称办公室；同年4月，成立研究生管理处。
1995年8月，成立中国农业科学院研究生领导小组。同年6月，研究生院青年志愿者服务队宣告成立。
1996年3月，研究生管理处更名为“研究生工作处”，教务处更名为“研究生培养处”
1997年4月，研究生党支部成立党总支委员会
1999年，1篇博士学位论文在百篇优秀博士论文中获奖；同年元月，《春华》创刊。
2002年5月，国务院学位办批准我院招收农业推广硕士专业学位（学位办[2002]39号）。
2003年上半年，成立培训服务中心，同年9月，研究生党总支经升为正处级机构与研究生工作处合署办公。
2004年7月，召开了第一届教学委员会第一次会议；同年，研究生招生总规模突破500人；同年，创办一二·九大合唱比赛。
2005年2月，增设学位办公室；同年，举办第一期导师培训班。试点进行学位论文双盲制评阅
2006年，第六届学位评定委员会下设立6个分委员会；10月，增设招生就业处。同年，创办学术节。第一批农业推广硕士授予学位。首次成立学位评定委员会专业学位评定分委员会。
2007年4月，启动外国留学生招收工作；同年6月，成立中国农业科学院博士后管理委员会，同年，开始评选优秀博士学位论文
2008年，1篇博士学位论文在北京市优秀博士学位论文评选中获奖；同年，首次组织评选优秀教师
2009年，增设专业学位教育处；同年，与中国农业大学签署联合培养博士生协议。同年6月，启动“基层农业技术推广骨干人员学历提升计划
2011年，增设国际教育处，2009年、2011年,4篇学位论文在全国农业推广硕士优秀学位论文评选中获奖；同年，首次举办大型校内就业双选会，春秋季各一次。同年，制定《中国农业科学院研究生院班主任工作暂行办法》
2012年，首次组织评选教学名师（图为评选教学名师）；同年，成立学位评定委员会
2013年，增设财务处，同年，中比合作办学项目正式招生；全面制（修）订完成56个博士学位授权专业和65个硕士学位授权专业的培养方案；同年9月，集中教学开始试行“大小学期制”；同年，制定研究生科研记录管理制度，启动研究生科研记录检查工作；2013年，博士学位论文双盲评阅比例提高至100%，硕士学位论文双盲评阅比例提高至30%。
2014年，成立继续教育处；同年1月，研究生院与京区研究所共建第一批10个教研室；
2015年7月，兽医学院正式挂牌
2016年7月，《China Daily》报道我院来华留学工作；同年,中荷合作办学项目正式招生；9月，兽医学院开展研究生课程集中教学工作；11月，研究生院举办首届教师教学培训班。
2017年，成立党委办公室, 原办公室更名为院长办公室；同年7月，苏丹大使访问中国农业科学院；同年10月，成立了国际教育学院。同年，全日制和非全日制硕士招生总规模突破1000人。
2018年，孟加拉籍博士被第三世界妇女科学组织评为度封面人物；2018年10月，获得国际实习生计划项目 “突出贡献奖” ；同年，制定公共英语课程免修制度；2018年9月，530位京内所硕士研究生在河北农业大学参加集中教学阶段课程学习；同年7月，组织举办首届中国农业科学院与高校联合培养博士生研讨会。
2019年，获兽医博士专业学位类别授权；同年1月，成立校友办公室，挂靠招生就业处。同年，研究生招生总规模突破1500人。
